甲型（H1N1）流感的初期症状与其他流感症状类似，如高热、咳嗽、乏力、厌食等。此次美国发现病例的主要表现为突然发热、咳嗽、肌肉痛和疲倦，其中一些患者还出现腹泻和呕吐；墨西哥发现病例还出现眼睛发红、头痛和流涕等症状。

人感染禽流感病毒后的症状主要表现为：高热、咳嗽、流涕、肌痛等，多数伴有严重的肺炎。严重者心、肾等多种脏器衰竭导致死亡。

季节性流感临床表现为起病急、高热、肌痛、头痛伴有严重不适、咽喉痛多数患者可在一到两周内恢复。

甲型H1N1流感与普通流感从症状上难以区别，只有通过实验室检测才能最终确定是否患甲型H1N1流感。