新生儿肺炎不论是哪种类型，病情严重的，都有一定的危险性。例如感染性肺炎，肺部可以出现大片的感染，甚至形成脓肿、坏死，严重影响病儿的呼吸功能。病菌还可能播散到全身引起败血症、脑膜炎等更严重的并发症。

对于新生儿肺炎应早期诊断、早期治疗、积极治疗，以遏制病情的进展。多数新生儿肺炎经过积极有效的救治是完全能够治愈的，并不留任何后遗症，而且也不会复发。但严重的肺炎又合并了全身其他器官的感染或损害，如果是神经系统的损害，会有留下后遗症的可能性。